### 研究背景

Olink邻位延伸分析（Proximity Extension Assay, PEA）技术非常适合对人类和小鼠模型中的类器官、诱导多能干细胞（iPSC）、细胞系和条件培养基进行高质量的多重蛋白质分析。PEA技术通过两个与寡核苷酸偶联的抗体同时结合在目标蛋白的邻近位点，使得寡核苷酸能够杂交并形成独特的DNA模板，从而通过qPCR进行扩增和最终检测。这项技术在多种样本基质中表现出色，仅需1μL样本即可，从而能够从人类和动物细胞系中提取出宝贵的见解，支持包括CRISPR基因编辑研究在内的多种应用，而不影响数据质量。

鉴于肠上皮细胞（IEC）的增殖率较高，肠道易受到化疗引发的损伤，而肠上皮的损伤会影响T细胞行为，其具体机制尚不明确。本研究中，作者使用基于人类肠道类器官的损伤模型，探讨了化疗引起的肠上皮损伤对T细胞行为的直接影响。对化疗损伤和未处理类器官培养基进行PEA蛋白组学分析，为后续CRISPR机制研究提供指导。

化疗暴露后类器官培养基的蛋白组学分析为后续CRISPR实验的信息生成提供了依据，旨在评估间质损伤诱导的T细胞活化机制。Gal-9被认为是肠道损伤和炎症的潜在生物标志物，也是一种可能的治疗靶点。随后的研究利用抗Gal-9阻断抗体或CRISPR/Cas9介导的Gal-9敲除技术，成功阻止了肠道类器官损伤引发的T细胞增殖、干扰素-γ释放和迁移，从而为治疗干预提供了新的策略。

蛋白组学在CRISPR研究中提供了重要的分子信息。一项流行病学研究表明，**俄罗斯专享会294**用户的心血管疾病（CVD）风险增加，但其机制尚不明确。Δ9-四氢大麻酚（Δ9-THC）作为大麻中的主要精神活性成分，与血管中的大麻素受体1（CB1/CNR1）结合，与心血管疾病相关。基于英国生物样本库（UKB）数据的分析显示，**俄罗斯专享会294**用户的心肌梗死风险高于非使用者。此外，Olink蛋白组学Target96炎症面板发现与动脉粥样硬化和心血管疾病风险相关的细胞因子和趋化因子的显著增加。

通过计算机模拟，确认染料木黄酮（一种在大豆中大量存在的异黄酮）能够与CB1受体结合并抑制其活性。利用人类诱导多能干细胞衍生的内皮细胞，通过NF-κB信号传导模拟Δ9-THC诱导的炎症和氧化应激。使用siRNA、CRISPR干扰及染料木黄酮敲低CB1受体，可以减弱Δ9-THC的影响。

伴放线菌聚集杆菌（Actinobacillus actinomycetemcomitans）是导致牙周病的主要病原体，引发强烈的免疫反应以推动疾病进展。NLRP3炎症小体与牙周病的发展密切相关，但在感染期间这些相关蛋白如何调节免疫反应仍不清楚。本研究探索了caspase-1、caspase-4和NLRP3如何调控在伴放线菌聚集杆菌感染期间牙龈上皮细胞的免疫反应。研究团队利用CRISPR/Cas9创建了缺乏NLRP3、caspase-1或caspase-4的人类牙龈上皮细胞（Ca9-22），并采用PEA技术对CRISPR编辑的牙龈上皮细胞在伴放线菌聚集杆菌感染后的蛋白组学进行了分析。

相比NCTC9710菌株，JP2菌株HK1651诱导的IL-1β和IL-1RA释放水平更高，且伴随更多上皮细胞死亡，这些发现依赖于caspase-1、caspase-4和NLRP3。对炎症相关蛋白的靶向分析表明，与未受刺激的Cas9和NLRP3缺陷细胞相比，HK1651感染后37种蛋白的表达显著改变。这些研究通过CRISPR基因编辑和蛋白组学分析相结合，阐明了NLRP3在伴放线菌聚集杆菌感染过程中的关键作用，强化了NLRP3在调节伴放线菌聚集杆菌感染期间免疫反应中的重要性。